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Tony Stark viaja a Japón para producir una nueva central eléctrica de reactor arc y exhibir el Iron Man Dio, un nuevo prototipo de armadura, que lo reemplazará cuando se retire. Sin embargo, Iron Man Dio se sale de control y depende de Tony como Iron Man detenerlo junto con una organización llamada Zodiaco. Iron Man incluso gana un aliado en el Capitán Nagato Sakurai, operario de la JSDF, pilotando la armadura Ramon Zero que su grupo militar creó para él. Iron Man pronto descubre que su viejo amigo Ho Yinsen (quien Tony pensó que había muerto en su primera vez como Iron Man) está vivo y está operando la armadura Iron Man Dio para los objetivos de Zodíaco.

Tras la muerte de Jean Grey (que estaba siendo controlado por el Fénix Oscuro, debido a la siniestra influencia del Círculo Interno), el Profesor X vuelve a reunir a los X-Men para viajar a Japón luego del secuestro de Armadura y enfrentarse a la U-Men que secuestran a jóvenes mutantes para extraer sus órganos. Durante su lucha con los U-Men, los X-Men descubren que algunos de los mutantes en Japón sufren el "Síndrome de Damon Hall", que causa problemas a los mutantes durante su segunda mutación. Los X-Men también deben lidiar con la siguiente trama del Círculo Interno.